Les bactéries du microbiote humain se trouvent principalement dans le tube digestif, c’est là où il y a la plus grande diversité de bactéries notamment des genres comme Bacteroides, Firmicutes, et Faecalibacterium. Les Firmicutes représentent environ 60 % de la flore bactérienne, tandis que les Bacteroides en représentent environ 20 %.

Quand le microbiote rend service à l’organisme

Le microbiote assure son propre métabolisme en puisant dans nos aliments le nécessaire. Il joue un rôle crucial sur notre santé, citons quelques exemples: 

• Digestion : Il aide à décomposer les aliments et à absorber les nutriments essentiels. Par exemple, les bactéries fermentent les fibres alimentaires, produisant des acides gras à chaîne courte (AGCC) qui nourrissent les cellules intestinales. Il participe à la synthèse de certaines vitamines (vitamine K, certaines vitamines B notamment la B12) et à trois acides aminés essentiels : la valine, la leucine et l’isoleucine.

• Immunité : Le microbiote forme une barrière protectrice contre les agents pathogènes. Environ 70 % de notre système immunitaire réside dans l'intestin, où les bactéries commensales modulent la réponse immunitaire.

• Régulation de l’humeur : Des études montrent un lien entre le microbiote intestinal et notre cerveau, influençant ainsi notre humeur. Des perturbations du microbiote ont été associées à des troubles comme la dépression.

• Métabolisme : Le microbiote influence directement le poids corporel et la résistance à l’insuline. Certaines bactéries intestinales ont été liées à l'obésité et à des troubles métaboliques.

Mais que se passe-t-il quand il y a une dysbiose?

Dysbiose : Qu'est-ce que c'est ?

La dysbiose désigne un déséquilibre du microbiote, où la diversité et la composition des microorganismes sont altérées. Cela peut entraîner une surpopulation de certaines bactéries pathogènes et une diminution des bactéries bénéfiques, affectant ainsi la santé globale. On peut citer quelques pathologies: le SIBO (pullulation microbienne intestinale), SIFO (pullulation fongique de l’intestin), candidose (prolifération de Candida albicans) etc. Avec des manifestions de symptômes types ballonnements, flatulence, douleurs abdominales, troubles de transit tels que la diarrhée ou la constipation etc. 

Comment la dysbiose peut-elle survenir ?

Plusieurs facteurs peuvent contribuer à l’apparition de la dysbiose :

• Alimentation déséquilibrée : Une alimentation pauvre en fibres et riche en sucres raffinés favorisent la croissance de bactéries nuisibles.

• Antibiotiques : L'utilisation d'antibiotiques réduit la diversité du microbiote.

• Inhibiteurs de la pompe à protons: l’utilisation d’IPP de manière chronique qui induit une production insuffisante d’acidité gastrique et réduit la digestion des protéines et abime ainsi la paroi intestinale.

• Stress : Le stress chronique peut modifier la composition du microbiote et altérer son fonctionnement.

• Mode de vie : Le manque d'exercice physique et un sommeil insuffisant peuvent également perturber l'équilibre microbien.

Que sont tous ces biotiques? Quels sont leurs rôles sur le microbiote?

Probiotiques, Prébiotiques, Postbiotiques, Symbiotiques et Co-biotiques

• • Probiotiques : Ce sont des micro-organismes vivants qui, lorsqu'ils sont administrés en quantités adéquates, confèrent un bénéfice pour la santé de l'hôte. Ils aident à rétablir et à maintenir l'équilibre du microbiote intestinal. Le microbiote doit être diversifié, qualitativement et quantitativement. On retrouve des probiotiques naturels dans certains aliments, notamment les aliments fermentés comme le kéfir de fruits ou de lait, le kombucha, les légumes lactofermentés etc. (https://www.instagram.com/wynaturopathe/, il y a des posts sur la préparation de ces aliments très faciles à faire soi-même à la maison). On retrouve également des probiotiques sous forme de gélule. 

• • Prébiotiques : Ce sont des composants alimentaires, généralement des fibres non digestibles, qui nourrissent les bactéries bénéfiques du microbiote. Ils favorisent la croissance de ces bactéries et aident à maintenir un équilibre sain.

Attentions, certaines personnes tolèrent mal ces fibres, car leur microbiote ne parvient pas à les digérer et ça fermente. Souvent c’est en lien avec les pathologies digestives telles que le SIBO, le SIFO etc. Dans ce cas une alimentation pauvre en FODMAP (Fermentable Oligosaccharides, Disaccharides Monosaccharides et Polyols) est nécessaire pendant une durée limitée, afin de ne pas créer de carence, et en parallèle il faut travailler sur la muqueuse intestinale. La réintroduction de ces aliments doivent se faire progressivement. 

• Postbiotiques : Ce sont des métabolites produits par la fermentation des prébiotiques par les bactéries. Ils comprennent des acides gras à chaîne courte (AGCC), des vitamines, des peptides bioactifs etc. qui exercent des effets bénéfiques sur la santé intestinale et globale, tels que la réduction de l'inflammation et le soutien de l'immunité.

• Symbiotiques : Les symbiotiques combinent à la fois des probiotiques et des prébiotiques. Ils visent à améliorer la santé intestinale en fournissant à la fois des bactéries bénéfiques et les nutriments nécessaires à leur croissance. Cependant comme indiqué précédemment, pour les personnes qui tolèrent mal les fibres, il faudra bien vérifier la composition des symbiotiques. 

• Co-biotiques : Ce terme désigne des substances qui agissent en synergie avec les probiotiques pour améliorer leurs effets bénéfiques. Les co-biotiques constituent un bon environnement pour ces bonnes bactéries et peuvent inclure des nutriments, des vitamines ou des minéraux qui favorisent l'activité et la survie des probiotiques dans l'intestin.

Le microbiote est donc un véritable gardien de notre santé, influençant de nombreux aspects de notre bien-être. Il est possible aujourd’hui d’analyser son microbiote avec une analyse métagénomique qui est une technique de séquençage complet ou partiel de l’ARN ribosomique bactérien dans nos selles. Cette méthode permet de connaitre la diversité des bactéries de notre microbiote en se basant sur nos connaissances actuelles bien entendu. Car les recherches continuent et nous avons encore beaucoup à découvrir sur ces petits individus qui vivent en symbiose avec nous. 

Références

• Valles-Colomer M, Falony G, Darzi Y et al. The neuroactive potential of the human gut microbiota in quality of life and depression. Nat Microbiol. 2019 Feb 4 

• Microbiota in anorexia nervosa: The triangle between bacterial species, metabolites and psychological tests.Borgo F, Riva A, Benetti A, Casiraghi MC, Bertelli S, Garbossa S, Anselmetti S, Scarone S, Pontiroli AE, Morace G, Borghi E.PLoS One. 2017 Jun 21;12(6) 

• Ghosh, T.S. et al. (2016). "Microbiota and Host Interactions: Implications for Health and Disease." Nature Reviews Microbiology.

• Adak A, Khan MR. An insight into gut microbiota and its functionalities. Cell Mol Life Sci. 2019 Feb;76(3):473-493. doi: 10.1007/s00018-018-2943-4. Epub 2018 Oct 13. PMID: 30317530; PMCID: PMC11105460.